Theo một giả thuyết, bệnh sốt rét được đưa đến Yaeyama từ một con tàu của Hà Lan dạt vào bờ biển trên đảo Iriomote vào năm 1530. Từ đó cho đến thế kỷ 20, bệnh sốt rét ở Yaeyama là một bệnh đặc hữu không rõ nguyên nhân. Năm 1921, tổ chức hành chính đầu tiên chuyên về phòng chống sốt rét, Văn phòng Dự phòng Sốt rét của Cơ quan Đảo Yaeyama, được thành lập, nhưng việc kiểm soát sốt rét cơ bản và liên tục không được thực hiện và số lượng bệnh nhân không giảm. Trong hoàn cảnh đó, Yaeyama cũng sẽ phải đối mặt với Trận chiến Okinawa.

Trong trận chiến Okinawa, không có trận nào ở Yaeyama. Tuy nhiên, khi các cuộc không kích tăng cường, người dân buộc phải sơ tán đến các khu vực bị ảnh hưởng bởi bệnh sốt rét theo lệnh của quân đội Nhật Bản. Thiếu lương thực và thuốc men, khoảng một nửa dân số, 16.884 người, mắc bệnh sốt rét và 3.647 người thiệt mạng. Mặt khác, 178 người đã thiệt mạng trong chiến đấu. Thiệt hại do sốt rét thời chiến này được gọi là "sốt rét thời chiến". Tiến sĩ Kozen Yoshino (nhà nghiên cứu ký sinh trùng) từ Yaeyama, cùng với Naoki Kuroshima, một nhân viên trung tâm y tế, đã thu thập dữ liệu chi tiết về bệnh nhân sốt rét trong chiến tranh. Những dữ liệu khoa học này sẽ dẫn đến việc kiểm soát bệnh sốt rét sau chiến tranh.

Sau chiến tranh, Yoshino trở thành giám đốc văn phòng chi nhánh Yaeyama, và Tiến sĩ Nobuyoshi Ohama (một nhà nghiên cứu bệnh sốt rét từ Yaeyama) trở thành giám đốc bộ phận vệ sinh, và lập ra "Quy định Kiểm soát Xóa sổ Sốt rét". Quy định nghiêm ngặt về tiền phạt, nhưng những nỗ lực kết hợp của khu vực công và tư đã giảm số ca sốt rét xuống còn 17 ca và số người chết vào năm 1949. Tuy nhiên, tại thời điểm này, bệnh sốt rét bằng 0 vẫn chưa đạt được.

Năm 1950, chính phủ mới, do người dân bầu ra, đã cắt giảm ngân sách sốt rét và thúc đẩy sự phát triển. Do nhiều "người nhập cư tiên phong" từ các hòn đảo khác đến định cư ở các vùng bị ảnh hưởng bởi bệnh sốt rét, một cơn sốt rét bùng phát trở lại được gọi là "sốt rét nhập cư" chủ yếu xảy ra trong số những người định cư.

Năm 1957, Tiến sĩ Charles M. Wheeler, một nhà động vật học y tế tại GHQ, đã lập ra một kế hoạch kiểm soát bệnh sốt rét "Kế hoạch Willer" ở Yaeyama theo yêu cầu của USCAR (Chính phủ Hoa Kỳ tại Quần đảo Ryukyu). Một ngân sách đặc biệt đã được phân bổ cho kế hoạch này, tập trung vào việc phun DDT * tồn lưu trong nhà, đã được khoa học chứng minh là có hiệu quả ở các nước khác, và nhân viên trung tâm y tế công cộng tại chỗ thực hiện công việc phun thuốc kỹ lưỡng. Hiệu quả ngay lập tức, và cư dân tích cực hợp tác. Kết quả là bệnh nhân ở đảo Iriomote vào năm 1961 là bệnh nhân cuối cùng, và vào năm 1962, Yaeyama không bị sốt rét. * DDT Thuốc trừ sâu không tốn kém và hiệu quả Đã bị cấm sử dụng do tính nguy hiểm của nó.

Sốt rét là một bệnh truyền nhiễm do ký sinh trùng Plasmodium gây ra, có đặc điểm là sốt cao và lạnh dữ dội, có thể gây tử vong nếu chậm điều trị. Khi bị muỗi mang ký sinh trùng sốt rét (tên khoa học: Anopheles spp.) Đốt, ký sinh trùng ẩn trong nước bọt của muỗi sẽ xâm nhập vào cơ thể người và lây nhiễm sang cơ thể người. Cùng với AIDS và bệnh lao, đây là một trong ba bệnh truyền nhiễm lớn trên thế giới.

Ở Yaeyama, muỗi Anopheles yaeyamaensis, loài mang ký sinh trùng Plasmodium falciparum chết người, xuất hiện ở các con suối trên núi trong rừng rậm.
Bệnh sốt rét đã biến mất khỏi Yaeyama, nhưng hơn 600.000 người chết vì bệnh sốt rét hàng năm trên toàn thế giới, chủ yếu ở các nước có thu nhập thấp và trung bình như châu Á và châu Phi. (2020).

Vào ngày 7 tháng 7 năm 1950, làng Inoda được thành lập trong khu vực lưu hành bệnh sốt rét, với việc khánh thành “Văn phòng Chi nhánh Inoda Xóa sổ Sốt rét”, do chính cư dân xây dựng.
Vào tháng 10 năm 1951, 21 gia đình đầu tiên từ làng Ogimi bắt đầu định cư ở Inoda theo chương trình tái định cư, và nhiều gia đình khác cũng theo đó khai khẩn và canh tác đất đai.
Sau đó, một đợt bùng phát bệnh sốt rét xảy ra giữa những người định cư ở phần phía bắc của đảo Ishigaki, bao gồm cả Inoda. Văn phòng Chi nhánh Inoda đã thực hiện một loạt các hoạt động bao gồm điều trị, các biện pháp đối phó, cũng như nâng cao nhận thức của cộng đồng, và sau đó nó đóng vai trò là đầu mối thực hiện kế hoạch Wheeler ở khu vực phía bắc. Nhờ tất cả những nỗ lực đó, vào năm 1962, số ca sốt rét hàng năm đã giảm xuống còn không. Cuối cùng, ở Yaeyama, lịch sử hơn 400 năm đấu tranh chống sốt rét đã kết thúc.