Menurut satu teori, malaria dibawa masuk ke Yaeyama pada tahun 1530 oleh kapal Belanda yang hanyut ke pinggir laut Pulau Iriomote. Sejak itu sehingga abad ke-20, malaria adalah penyakit endemik Yaeyama yang tidak diketahui puncanya. Pada tahun 1921, kumpulan kawalan malaria pertama yang dinamakan "Kumpulan Penghapusan Malaria Kepulauan Yaeyama" telah ditubuhkan. Bagaimanapun, bilangan pesakit tidak berkurangan kerana kekurangan langkah asas pengawalan malaria yang berterusan. Dalam keadaan inilah Yaeyama terpaksa mengambil bahagian dalam Pertempuran Okinawa.

Walaupun tiada pertempuran darat di Yaeyama semasa Pertempuran Okinawa, serangan udara adalah sengit. Oleh itu, penduduk dipaksa untuk memindah ke kawasan endemik malaria atas arahan daripada tentera Jepun. Oleh kerana kekurangan makanan dan ubat-ubatan, 16,884 orang, kira-kira separuh daripada penduduk, dijangkiti penyakit malaria. Antara jumlah pesakit, sebanyak 3,647 kehilangan nyawa mereka yang berharga. Sebaliknya, jumlah kematian dalam Pertempuran Okinawa hanya 178 orang. Oleh itu, malaria yang merebak semasa perang dipanggil "Malaria Zaman Perang". Dr Kozen Yoshino, pakar parasit dari Yaeyama, bersama Naoki Kuroshima, pegawai pusat kesihatan awam, dan pegawai-pegawai lain telah mengumpul data terperinci mengenai pesakit malaria zaman perang. Data saintifik ini membawa kepada langkah kawalan malaria selepas perang.
Selepas perang, Dr. Yoshino menjadi ketua Cawangan Yaeyama (dan kemudiannya gabenor wilayah), dan Dr. Shinken Ohama, pakar malaria dari Yaeyama, dilantik sebagai pengarah Agensi Kesihatan Awam, dan bertanggungjawab untuk menggubal "Ordinan Penghapusan Malaria".

Pada tahun 1950, sebuah kerajaan baru yang dipilih oleh penduduk melaksanakan dasar mengurangkan bajet untuk kawalan malaria dan mendesak untuk program imigresen. Akibatnya, ramai "perintis pendatang" dari pulau lain menetap di kawasan endemik malaria. Hal ini menyebabkan kemunculan kembali malaria di kalangan mereka. Dengan ini, ia dipanggil "Imigran Malaria".
Pada tahun 1957, Dr. Wheeler, ahli entomologi kesihatan awam GHQ, telah merumuskan "Pelan Wheeler" di Yaeyama selaras dengan keperluan USCAR (Biro Hal Ehwal Awam A.S. Ryukyu), iaitu rancangan penghapusan penyakit malaria. USCAR memperuntukkan belanjawan khas untuk membiayai program tersebut, khususnya untuk penyemburan sisa dalaman DDT kerana ia dibukti berkesan secara saintifik di negara lain. Ketika kakitangan pusat kesihatan menjalankan operasi penyemburan yang menyeluruh, kesannya yang jelas serta-merta telah menarik lebih ramai penduduk memberi kerjasama dengan lebih aktif. Jadi Yaeyama akhirnya mencapai sifar malaria pada tahun 1962, selepas kes terakhir di Pulau Iriomote pada tahun 1961.

Malaria adalah salah satu daripada "tiga penyakit berjangkit teratas di dunia", bersama AIDS dan tuberkulosis. Ia adalah penyakit berjangkit yang disebabkan oleh parasit Plasmodium. Penyakit ini dicirikan oleh demam menggigil, malah pesakit kes lewat dirawat mungkin akan meninggal dunia. Jangkitan berlaku apabila seseorang digigit nyamuk yang dijangkiti Plasmodium kerana sporozoite malaria akan disuntik ke dalam badan melalui air liur nyamuk.
Di Yaeyama, Anopheles yaeyamaensis pembawa Plasmodium falciparum pembawa maut ini, adalah lebih kerap dijumpai di sekitar aliran hutan.
Walaupun Yaeyama tidak lagi kes-kes malaria, penyakit ini masih menyebabkan kematian yang melebihi 600,000 orang setiap tahun di seluruh dunia, terutamanya di negara berpendapatan rendah dan sederhana seperti Asia dan Afrika (data tahun 2020).

Pada 7 Julai 1950, penduduk kampung Inoda telah menubuhkan dan membina "Cawangan Inoda Penghapusan Malaria" di kawasan endemik malaria.
Pada Oktober 1951, terdapat 21 keluarga pertama dari kampung Ogimi, Okinawa menetap di Inoda kerana program imigresen, dan ramai lagi yang mengikuti untuk penambakan tanah untuk pertanian. Selepas itu, disebabkan wabak malaria di bahagian utara Pulau Ishigaki, termasuk kawasan Inoda, cawangan itu menjalankan pelbagai aktiviti termasuk rawatan, program pencegahan dan peningkatan kesedaran orang ramai. Cawagan tersebut kemudiannya menjadi pusat penyelaras pelaksanaan Pelan Wheeler di kawasan utara Pulau Ishigaki.
Hasil daripada semua usaha ini, kes malaria tahunan telah dikurangkan kepada sifar pada tahun 1962, akhirnya berjaya menamatkan pertempuran panjang menentang malaria yang berlangsung lebih daripada 400 tahun.