ตามทฤษฎีหนึ่งเชื่อว่าโรคมาลาเรียเกิดขึ้นที่ยาเอยามะโดยเรือดัตช์ที่ลอยขึ้นฝั่งบนเกาะอิริโอโมเตะในปีค.ศ. 1530  ตั้งแต่นั้นมาจนถึงศตวรรษที่ 20 โรคมาลาเรียในยาเอยามะได้เป็นโรคประจำถิ่นโดยไม่ทราบสาเหตุ  ในปีค.ศ. 1921 ได้มีการจัดตั้งสำนักงานบริหารจัดการแห่งแรกที่เชี่ยวชาญเกี่ยวกับด้านการควบคุมโรคมาลาเรียซึ่งเป็นสำนักงานป้องโรคกันมาลาเรียสาขาภูมิภาคยาเอยามะของรัฐบาลริวกิว  ถึงแม้ว่าจะมีการจัดตั้งองกรค์แต่ก็ไม่ได้มีมาตรการควบคุมและป้องกันโรคมาลาเรียที่ต่อเนื่องทำให้จำนวนผู้ป่วยไม่ลดลง  ภายใต้สถานการณ์เช่นนี้ยาเอยามะก็ได้เข้าไปพัวพันกับยุทธการโอกินาวา

ถึงแม้ในช่วงยุทธการโอกินาวาที่ยาเอยามะจะไม่มีการต่อสู้ภาคพื้นดิน แต่ก็มีการโจมตีทางอากาศที่รุนแรงทำให้มีการอพยพประชาชนไปยังพื้นที่ที่มีเชื้อมาลาเรียตามคำสั่งของกองทัพญี่ปุ่น  ส่งผลให้เกิดภัยพิบัติที่เรียกว่า "มาลาเรียในช่วงสงคราม"  เนื่องจากความขาดแคลนทางอาหารและยาส่งผลให้ประชากรจำนวน 16,884 คนติดเชื้อมาลาเรียซึ่งนับเป็นครึ่งหนึ่งของประชากรทั้งหมด และยิ่งไปกว่านั้นในจำนวนผู้ติดเชื้อ 16,884 คน ได้มีผู้เสียชีวิตจำนวน 3,647 คน ในทางกลับกันมีจำนวนผู้เสียชีวิตจากสนามรบ 178 คน  ดร. โคเซ็น โยชิโนะ นักปรสิตวิทยาจากยาเอยามะ พร้อมด้วย นาย นาโอกิ คุโรชิมะ เจ้าหน้าที่สาธารณสุขและเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องได้รวบรวมรายละเอียดข้อมูลเกี่ยวกับผู้ป่วยมาลาเรียในช่วงสงคราม  ข้อมูลทางวิทยาศาสตร์เหล่านี้ถูกนำไปประยุกต์ใช้สู่มาตรการควบคุมโรคและป้องกันโรคมาลาเรียหลังสงคราม  หลังสิ้นสุดสงคราม ดร. โคเซ็น โยชิโนะ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการสำนักงานสาขายาเอยามะ (ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ว่าราชการจังหวัดในภายหลัง) และ ดร. ชินเคน โอฮามะ ผู้เชี่ยวชาญทางด้านมาลาเรียจากยาเอยามะ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการฝ่ายสาธารณสุขซึ่งเป็นผู้ที่ร่างกฎระเบียบข้อบังคับควบคุมและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยมีการบังคับใช้กฎระเบียบที่เข้มงวดและมีค่าปรับสำหรับผู้ที่ไม่ปฏิบัติตาม  เนื่องด้วยความพยายามร่วมกันระหว่างภาครัฐและเอกชนทำให้ในปี ค.ศ. 1949 จำนวนผู้ป่วยโรคมาลาเรียลดลงเหลือ 17 รายและมีจำนวนยอดผู้เสียชีวิตลดลงอย่างต่อเนื่อง  อย่างไรก็ตามในขณะนั้นก็ยังไม่สามารถบรรลุเป้าหมายที่จะปราศจากผู้ป่วยโรคมาลาเรียได้

ในปี ค.ศ. 1950 รัฐบาลชุดใหม่ที่มาจากการเลือกตั้งได้ตัดงบประมาณสำหรับการควบคุมโรคมาลาเรียและผลักดันโครงการการตั้งถิ่นฐานใหม่  ด้วยเหตุนี้ผู้อพยพต่างถิ่นจำนวนมากได้เข้ามาตั้งรกรากในพื้นที่ที่มีการระบาดของโรคมาลาเรียส่งผลให้เกิดการฟื้นตัวของโรคมาลาเรียในกลุ่มผู้อพยพต่างถิ่นเรียกว่า “มาลาเรียของผู้อพยพ”  ในปี ค.ศ. 1957 ดร. ชาร์ลส์ เอ็ม. วีลเลอร์ นักกีฏวิทยาของสาธารณสุข GHQ ในประเทศญี่ปุ่น ได้พัฒนาแผนเพื่อควบคุมโรคโรคมาลาเรียที่ยาเอยามะมีชื่อว่า “แผนวีลเลอร์” ตามคำขอของ USCAR (สำนักงานบริหารพลเรือนแห่งสหรัฐอเมริกาในหมู่เกาะริวกิว) ซึ่งได้มีการจัดสรรงบประมาณพิเศษสำหรับแผนงานโดยมุ่งเน้นการพ่นสารกำจัดแมลงDDTที่เป็นสารออกฤทธิ์ตกค้างในบ้าน โดยได้รับการพิสูจน์ทางวิทยาศาสตร์แล้วว่ามีประสิทธิภาพในการกำจัดยุงในหลายๆประเทศ  เนื่องจากการฉีดพ่นอย่างทั่วถึงของเจ้าหน้าที่ของศูนย์สาธารณสุขพร้อมกับได้รับความร่วมมือจากประชาชนผู้อยู่อาศัยเป็นผลให้ในปี ค.ศ. 1961 มีผู้ป่วยรายสุดท้ายที่เป็นโรคมาลาเรียจากอิริโอโมเตะ  หลังจากนั้นยาเอยามะประสบความสำเร็จในการปราศจากโรคมาเลเรียในปี ค.ศ. 1962

หมายเหตุ: DDT เป็นสารเคมีที่มีราคาถูกและมีประสิทธิภาพสูงแต่ปัจจุบันถูกสั่งห้ามมีการใช้งานเนื่องจากเป็นสารเคมีที่เป็นอันตรายต่อร่างกาย

มาลาเรียเป็นโรคติดเชื้อที่เกิดจากปรสิตพลาสโมเดียม โรคนี้มีลักษณะคือมีไข้สูงและหนาวสั่นรุนแรง ซึ่งอาจเป็นอันตรายถึงชีวิตหากได้รับการรักษาที่ล่าช้า  การติดเชื้อจะเริ่มขึ้นเมื่อยุงก้นปล่องที่มีเชื้อพลาสโมเดียมกัดและฉีดสปอโรซอยต์ที่อยู่ในน้ำลายเข้าสู่ร่างกายของมนุษย์ โรคมาลาเรียเป็นหนึ่งในสามโรคติดเชื้อที่สำคัญของโลก ร่วมกับโรคเอดส์และวัณโรค  ที่ยาเอยามะสามารถพบยุงก้นปล่องได้บริเวณลำธารในป่า ซึ่งยุงก้นปล่องมีพาหะของเชื้อพลาสโมเดียมฟัลซิปารัมที่เป็นเชื้อชนิดรุนแรง  ถึงแม้ว่าในปัจจุบันจะไม่มีผู้ป่วยโรคมาลาเรียในยาเอยามะแล้วแต่ก็ยังมีผู้เสียชีวิตจากโรคนี้มากกว่า 600,000 รายต่อปีทั่วโลก ซึ่งสามารถพบในประเทศที่มีรายได้ต่ำและปานกลาง ส่วนใหญ่อยู่ในทวีฟเอเชียและแอฟริกา (ข้อมูลปี ค.ศ. 2020)

หมู่บ้านอิโนดะเป็นพื้นที่ที่มีการระบาดของโรคมาลาเรียซึ่งถือเป็นโรคประจำท้องถิ่น  เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม ค.ศ. 1950 หมู่บ้านอิโนดะได้จัดตั้งสำนักงานป้องกันและควบคุมโรคมาลาเรียสาขาอิโนดะโดยประชาชนในหมู่บ้าน  ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1951 ประชาชน 21 ครอบครัวแรกจากหมู่บ้านโอกิมิในโอกินาวาได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานที่หมู่บ้านอิโนดะภายใต้โครงการตั้งถิ่นฐานใหม่ และอีกหลายครอบครัวได้อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานที่หมู่บ้านอิโนดะ โดยผู้อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานได้ทำปรับสถาพพื้นผิวที่ดินเพื่อการอยู่อาศัยและการเพาะปลูก  ในเวลาต่อมาเกิดการระบาดของโรคมาลาเรียในหมู่ผู้ตั้งถิ่นฐานในตอนเหนือของเกาะอิชิงากิรวมทั้งอิโนดะ  สำนักงานป้องกันและควบคุมโรคมาลาเรียสาขาอิโนดะได้ดำเนินกิจกรรมมากมาย เช่น การรักษา, มาตรการรับมือ, และเผยแพร่วิธีการป้องกันสู่สาธารณชน  เวลาต่อมาได้ทำหน้าที่เป็นจุดศูนย์กลางในการดำเนินการตามแผนวีลเลอร์ในพื้นที่ภาคเหนือ  ทำให้ในปี ค.ศ.  1962 จำนวนผู้ป่วยโรคมาลาเรียประจำปีลดลงเหลือศูนย์  เป็นผลให้ประวัติศาสตร์อันยาวนานกว่า 400 ปีในการต่อสู้กับโรคมาลาเรียได้สิ้นสุดลง