일설에 따르면 1530년에 이리오모테 섬에 표류하여 도착한 네덜란드 선박으로부터 야에야마로 말라리아가 반입되었다고 전해집니다. 그리고 20세기까지 야에야마의 말라리아는 원인을 알 수 없는 풍토병이었습니다. 1921년 처음으로 말라리아 대책 전문 행정조직인 '야에야마도청 말라리아 예방반 사무소'가 생겼지만 지속적이고 근본적인 말라리아 대책은 이루어지지 않아 환자 수가 감소하지 않았습니다. 그런 상황에서 야에야마에서도 오키나와전쟁을 맞이하게 됩니다.

오키나와전쟁 시기에 야에야마에서 벌어진 지상전은 없었습니다. 하지만 공습이 거세지자 주민들은 일본군의 명령에 따라 말라리아 유병지로 강제 대피하게 되었습니다. 식량도 약도 없는 가운데 주민의 약 절반인 16,884명이 말라리아에 걸렸고, 3,647명이 고귀한 목숨을 잃었습니다. 반면 전투행위로 인한 사망자는 178명이었습니다. 이 전쟁 하에서의 말라리아 피해는 '전쟁 말라리아'라고 불립니다. 야에야마 출신의 요시노 코젠 박사(기생충 연구자)는 보건소 직원인 쿠로시마 나오키 등과 함께, 전쟁중의 말라리아 환자에 관한 상세한 데이터를 수집했습니다. 이러한 과학 데이터는 전후 말라리아 대책으로 이어집니다.
전후, 요시노는 야에야마 지청장에, 오오하마 신켄 박사(야에야마 출신의 말라리아 연구자)는 위생부장에 취임하여, 「말라리아 박멸에 관한 단속 규칙」을 작성했습니다. 이 규칙은 벌금을 수반하는 엄격한 것이었지만 민관 일체의 대책이 시행되면서 1949년에는 말라리아 환자 수가 17명까지 감소하고 사망자 수도 급감했습니다. 하지만 이 시기는 아직 제로 말라리아가 달성되지 않았습니다.

1950년 주민들이 선택한 새 정부는 말라리아 대책 예산을 삭감하고 개척을 추진했습니다. 다른 섬에서 온 많은 '개척 이민'이 말라리아 유병지에 정착한 결과, 정착민을 중심으로 '이민 말라리아'라고 불리는 말라리아 재유행이 일어났습니다.
1957년, GHQ의 의동물학자 윌러 박사는 USCAR(류큐 열도 미국 국민 정부)의 의뢰에 의해, 야에야마에서 말라리아 대책 계획 「윌러 플랜」을 작성했습니다. 타국에서 과학적으로 효과가 증명되었던 DDT*의 실내 잔류 분무를 중심으로 한 이 계획에 특별예산이 부여되어 현장 보건소 직원들이 철저한 분무작업을 실시하였습니다. 그 효과는 바로 나타났고 주민들도 적극 협력했습니다. 그 결과 1961년 이리오모테지마에서의 환자를 마지막으로 1962년 야에야마에서 제로 말라리아를 달성했습니다. (*DDT는 저렴하고 효과적인 살충제였지만, 위험성이 지적되어 이후 사용이 금지되었다.)

말라리아는 말라리아 원충이라는 기생충에 의한 감염병으로 고열과 강렬한 한기를 특징으로 하며 치료가 늦어지면 죽음에 이르는 질병입니다. 말라리아 원충을 가지고 있는 모기(산딸라카 학명 Anopheles spp.)에 물렸을 때 모기의 침 속에 숨어 있는 원충이 사람의 몸속에 침입하여 감염됩니다. 에이즈, 결핵과 함께 '세계 3대 감염증' 중 하나입니다.
야에야마에는 사망률이 높은 열대열 말라리아 원충을 운반하는 야에야마 소형 학질모기가 정글의 시냇물에 발생합니다.
야에야마에서 말라리아는 없어졌지만 아시아 아프리카 등 저, 중소득국을 중심으로 세계에서는 연간 60만명 이상이 말라리아로 사망합니다. (2020년)

1950년 7월 7일, 말라리아가 만연하는 이노다 지구에서, 주민이 직접 만든 「말라리아 박멸 이노다 출장소」의 개소식이 거행되어 이노다 부락이 탄생했습니다. 1951년 10월 오기미 마을에서 계획이민으로서21가구가 정착한 것을 시작으로 이노다에는 많은 정착민들이 개간을 하러 왔습니다. 그러나 이노다를 포함한 이시가키 섬 북부 일대에서 정착민을 중심으로 말라리아가 크게 유행하게 되었습니다. 이노다 출장소에서는 치료, 대책으로부터 교육 보급 등 다방면에 걸치는 업무가 행해져 이후에 북부 지구의 윌러플랜 실시 거점이 되었습니다. 그 결과 1962년에는 야에야마에서 연간 말라리아 환자 발생이 0명이 되었습니다.
이렇게 400년 이상의 오랜 시기에 걸친 야에야마의 말라리아와의 힘든 투쟁의 역사에 종지부가 찍혔습니다.