根据一种理论，疟疾是于1530年由一艘在西表岛漂流上岸的荷兰船带入八重山的。从那时起直到20世纪，八重山的疟疾是一种原因不明的地方性疾病。1921年，成立了第一个疟疾控制小组，"八重山群岛疟疾消除小组"。然而，由于没有采取连续性的基本疟疾控制措施，病人的数量并没有减少。在这种情况下，八重山被迫参与了冲绳之战。

冲绳战役期间，八重山并没有发生地面战斗。然而，随着空袭的加剧，居民们在日本军队的命令下被强行撤离到疟疾流行地区。由于缺乏食物和药品，16,884人，约占人口的一半，皆染疟疾，其中3,647人失去了宝贵的生命。与此相反，战斗中的死亡人数仅为178人。因此，战争期间的这场疟疾被称为 "战时疟疾"。吉野高善博士（Dr. Kozen Yoshino），来自八重山的寄生虫学家，与公共卫生中心官员黑岛直规（Naoki Kuroshima）等人一起，收集了战时疟疾患者的详细数据。这些科学数据促成了战后的疟疾控制措施。
战后，吉野博士成为八重山分局局长（后来成为省长），来自八重山的疟疾专家大滨信贤博士（Dr. Shinken Ohama）则被任命为公共卫生署署长，为"消除疟疾的条例"的起草人。

1950年，由居民选出的新政府削减了控制疟疾的预算，并推动了一项移民计划。因此，许多来自其他岛屿的 "移民先锋"在疟疾流行地区定居，导致疟疾重新爆发于他们之中。这就是所谓的 "移民疟疾"。
1957年，GHQ的公共卫生昆虫学家惠勒博士（Dr. Wheeler）应USCAR（美国琉球群岛民政局）的要求，在八重山制定了 "惠勒计划"，即疟疾根除计划。USCAR拨出一笔特别预算资金资助该计划，特别用于室内滞留喷洒DDT因为这在其他国家已经被科学证明是有效的。随着卫生中心职员进行彻底的喷洒行动，效果立即显现，从而带动居民们积极的配合。因此，在西表岛1961年出现最后一个病例后，八重山终于于1962年实现了零疟疾。　　

疟疾是 "世界三大传染病 "之一，与艾滋病和结核病并列。它是一种由疟原虫引起的传染性疾病。该病的特点是高烧和不断地寒颤，病患甚至可能因延误治疗而死亡。 当一个人被感染疟原虫的蚊子叮咬时就会被感染，因为疟疾虫子孢子会随着该蚊子的唾液注射入其体内。
在八重山，这些现携带致命恶性疟原虫的按蚊（Anopheles yaeyamaensis）较常见于丛林溪流周围。
虽然八重山不再有疟疾，但它每年仍在全世界，尤其在亚洲、非洲等中低收入国家内夺走60多万人的生命（数据取自2020年）。

1950年7月7日，伊野田村（Inoda）村民在疟疾流行区成立并建造了 "根除疟疾伊野田分局"。
1951年10月，因移民计划，第一批来自冲绳的大宜味村（Ogimi）的21个家庭定居于伊野田，许多其他家庭紧随其后开垦和耕种土地。接着，由于疟疾爆发于石垣岛北部，包括伊野田地区的定居者中，根除疟疾伊野田分局开展了各类活动，包括治疗、对策和提高公众意识等。该分局后来成为在石垣岛北部地区实施惠勒计划的协调中心。
因这些努力，每年的疟疾病例于1962年减少至零宗，终于结束了持续了400多年与疟疾斗争的漫长岁月。