Según una versión, la malaria fue introducida a Yaeyama por un barco holandés naufragado que llegó a la costa de la isla Iriomote en 1530. Desde entonces y hasta el siglo XX, la malaria en Yaeyama era una enfermedad endémica de causa desconocida. En 1921 se creó la primera organización administrativa para el control de la malaria, la Oficina de Prevención de la Malaria de Okinawa en Islas Yaeyama, pero no se tomaron medidas continuas y radicales para el control, por eso no se ha podido disminuir el número de casos. Además, bajo esas circunstancias, la región de Yaeyama también se involucra a la Batalla de Okinawa.

Durante la Batalla de Okinawa, no hubo enfrentamientos terrestres en Yaeyama. Sin embargo, cuando se intensificaron los ataques aéreos, los habitantes fueron obligados a evacuarse a zonas afectadas de malaria por orden del Ejército Imperial Japonés. Con la falta de alimentos y medicamentos, 16.884 personas, casi la mitad de la población, contrajeron malaria, y costó 3.647 vidas. Mientras, los que se murieron en el combate eran 178 personas. Esta epidemia de malaria de aquel entonces se conoce como la "Malaria en Tiempos de Guerra". El Dr. Kozen Yoshino (investigador de parásitos), nativo de Yaeyama, junto con Naoki Kuroshima, funcionario del centro de salud pública, y otros, recopilaron datos detallados sobre los casos de malaria durante la guerra. Estos datos científicos condujeron a las medidas de control de la malaria de la posguerra.
Después de la guerra, Yoshino asumió el cargo del Director General de la Oficina de Yaeyama y el Dr. Shinken Ohama (investigador de la malaria, oriundo de Yaeyama) se convirtió en Director del Departamento de Salud Pública, y elaboraron el "Reglamento para el Control de Erradicación de la Malaria". Esa normativa era estricta, con multas, y además los sectores público y privado tomaron medidas concertadas, y en 1949 el número de casos de paludismo se redujo a 17 y el número de muertes había disminuído notablemente. Sin embargo, no podía alcanzar cero malaria en ese momento.

En 1950, un nuevo gobierno local elegido por los ciudadanos recortó el presupuesto para la lucha contra la malaria e impulsó para la explotación del campo de cultivo. Muchos "inmigrantes pioneros" de otras islas se asentaron en zonas endémicas de la malaria, lo que provocó el rebrote de malaria, conocida como "Malaria de Inmigrantes", principalmente entre los inmigrados.
En 1957, el Dr. Charles M. Wheeler, entomólogo de salud pública del Cuartel General del Ejército Americano en Japón, preparó el Plan Wheeler, un plan de control de la malaria en Yaeyama, a petición del USCAR (Gobierno Civil de los Estados Unidos en Islas Ryukyu). Fue asignado un presupuesto especial para este plan, que era la fumigación residual de interiores con DDT*, cuya eficacia había sido demostrado científicamente en otros países. El personal del centro de salud se llevó a cabo una minuciosa operación de fumigación y los efectos fueron inmediatamente evidentes y además los habitantes cooperaron activamente. Como resultado, en 1962 alcanzó cero malaria en Yaeyama. El último caso fue en la isla Iriomote en 1961. (DDT* es una insecticida barata y eficaz, pero fue prohibida su uso por su peligrosidad.)

La malaria o el paludismo es una enfermedad infecciosa causada por un parásito (protozoo) llamado Plasmodium, que se caracteriza por fiebre alta y escalofríos intensos, y que puede provocar la muerte si se retrasa el tratamiento. Cuando una persona es picada por un mosquito (Anopheles spp.) portador de Plasmodium, el protozoo, que está oculto en la saliva del mosquito, entra en el cuerpo humano y lo infecta. Junto con el SIDA y la tuberculosis, es una de las "tres principales enfermedades infecciosas del mundo".
En la región de Yaeyama, Anopheles yaeyamaensis, portador del protozoo (Plasmodium falcifparum) del paludismo tropical altamente letal, se reproducen en los arroyos de la zona selvática.
Aunque el paludismo ha sido eliminado de Yaeyama, más de 600.000 personas mueren anualmente a causa de esta enfermedad en el mundo, principalmente en los países de ingresos bajos y medianos de Asia y África. (2020)

El 7 de julio de 1950, con la creación de la comunidad de Inoda de Ishigaki, donde el paludismo fue endémico, se llevó a cabo con la ceremonia de inauguración de la “Oficina Sucursal de Erradicación de la Malaria de Inoda”, establecida por los residentes mismos. En octubre de 1951, bajo el Plan de Inmigración, empezando por 21 familias del pueblo de Ogimi de la isla de Okinawa, llegaron a Inoda para dedicar a la agricultura,. Sin embargo, allí en la parte norte de la isla Ishigaki, incluida Inoda, se desató una epidemia de malaria, principalmente entre los inmigrantes.
La oficina sucursal de Inoda realizó una amplia gama de tareas, desde el tratamiento y el control hasta la educación y la divulgación, y más tarde se convirtió en el centro para la aplicación del Plan Wheeler de la zona norte de la isla. Como resultado, en 1962, la incidencia anual de casos de malaria en Yaeyama fue cero.
De esta menera, la historia de más de 400 años de lucha contra la malaria de Yaeyama llegó a su fin.