De acordo com uma teoria, a malária foi trazida para Yaeyama de um navio holandês que desembarcou na ilha de Iriomote em 1530. Desde então até o século 20, a malária em Yaeyama era uma doença endêmica de causa desconhecida. Em 1921, a primeira organização administrativa especializada no controle da malária, o Gabinete da Equipe de Prevenção da Malária da Agência da Ilha Yaeyama, foi estabelecida, mas o controle contínuo e fundamental contra a malária não foi implementado e o número de pacientes não diminuiu. Sob tais circunstâncias, Yaeyama também enfrentou a Batalha de Okinawa.

Na Batalha de Okinawa, não houve batalha terrestre em Yaeyama. No entanto, quando os ataques aéreos se intensificaram, os moradores foram evacuados para áreas afetadas pela malária por ordem do exército japonês. Na ausência de alimentos e remédios, cerca de metade dos habitantes, 16.884, sofria de malária e 3.647 foram mortos. Por outro lado, 178 pessoas foram mortas em combate. Este dano causado pela malária de guerra é chamado de "malária de guerra". O Dr. Kozen Yoshino (pesquisador de parasitas) de Yaeyama, juntamente com Naoki Kuroshima, funcionário do centro de saúde, coletou dados detalhados sobre pacientes com malária durante a guerra. Esses dados científicos levaram ao controle da malária no pós-guerra. Após a guerra, Yoshino tornou-se o diretor da filial de Yaeyama, e o Dr. Nobuyoshi Ohama (um pesquisador de malária de Yaeyama) tornou-se o diretor do departamento de higiene e eles criaram os "Regulamentos de Controle de Erradicação da Malária". A regra era rígida com multas, mas os esforços combinados dos setores público e privado reduziram o número de casos de mortes de malária para 17 em 1949. No entanto, nesse momento, a malária zero ainda não tinha sido alcançada.

Em 1950, o novo governo escolhido pelos habitantes cortou o orçamento de controle da malária e avançou com o desenvolvimento. Como resultado de muitos "imigrantes pioneiros" de outras ilhas se estabelecerem nas áreas onde ainda tinha doentes de malária, um ressurgimento da malária chamado "malária imigrante" ocorreu principalmente entre os colonos. Em 1957, o Dr. Willer, um zoólogo médico da Sede, criou o Plano de Controle da Malária "Plano Willer" em Yaeyama, a pedido da USCAR (Administração Civil dos EUA das Ilhas Ryukyu). Um orçamento especial foi reservado para este projeto, que se concentrou na pulverização residual interna de DDT *, que tinha sido cientificamente comprovada como eficaz em outros países, e a equipe do centro de saúde local realizou um trabalho completo de pulverização. Este efeito foi imediato e os moradores cooperaram ativamente. Como resultado, alcançou-se a zero malária em Yaeyama em 1962, após o último paciente na ilha de Iriomote em 1961. * D DT Inseticida barato e eficaz. O perigo deste foi apontado e seu uso foi proibido.

A malária é uma infecção causada por um parasita chamado protozoário da malária, que se caracteriza por febre alta e frio intenso, e é fatal se o tratamento for retardado. Quando alguém é picado por um mosquito portador de um protozoário da malária (nome científico de Hamadaraka Anopheles spp.), o protozoário que se esconde na saliva do mosquito invade o corpo humano e o infecta. Junto com a AIDS e a tuberculose, a malária é uma das "três maiores doenças infecciosas do mundo". Em Yaeyama, a Yaeyama Kogatahamadaraka, que carrega o protozoário da malária de calor tropical de alta mortalidade, é gerado no córrego da montanha da selva. A malária desapareceu de Yaeyama, mas mais de 600.000 pessoas morrem de malária anualmente no mundo, principalmente em países de baixa e média renda, como na Ásia e África. (2020) _ _

Em 7 de julho de 1950, no distrito de Inoda, onde a malária era generalizada, foi realizada a cerimônia de abertura da "Sucursal Inoda de Erradicação da Malária" feita à mão pelos moradores, e nasceu a vila de Inoda. Em outubro de 1951, 21 famílias se estabeleceram como imigrantes planejados da Vila Ogimi, e muitos colonos vieram a Inoda para limpar a terra. No entanto, a malária era prevalente na parte norte da Ilha de Ishigaki, incluindo Inoda, principalmente entre os colonos. Na filial de Inoda, foram realizadas diversas tarefas, como tratamento, contramedidas e divulgação da educação, que posteriormente se tornou a base de implementação do plano Willer na zona norte. Como resultado, em 1962, a incidência anual de malária em Yaeyama era zero. Desta forma, a longa história de luta contra a malária de Yaeyama por mais de 400 anos chegou ao fim.