根據一種理論，瘧疾是於1530年由一艘在西表島漂流上岸的荷蘭船帶入八重山的。從那時起直到20世紀，八重山的瘧疾是一種原因不明的地方性疾病。 1921年，成立了第一個瘧疾控制小組，"八重山群島瘧疾消除小組"。然而，由於沒有採取連續性的基本瘧疾控制措施，病人的數量並沒有減少。在這種情況下，八重山被迫參與了沖繩之戰。

沖繩戰役期間，八重山並沒有發生地面戰鬥。然而，隨著空襲的加劇，居民們在日本軍隊的命令下被強行撤離到瘧疾流行地區。由於缺乏食物和藥品，16,884人，約佔人口的一半，皆染瘧疾，其中3,647人失去了寶貴的生命。與此相反，戰鬥中的死亡人數僅為178人。因此，戰爭期間的這場瘧疾被稱為 "戰時瘧疾"。來自八重山的寄生蟲學家吉野高善博士（Dr. Kozen Yoshino），與公共衛生中心官員黑島直規（Naoki Kuroshima）等人一起，收集了戰時瘧疾患者的詳細數據。這些科學數據促成了戰後的瘧疾控制措施。
戰後，吉野博士成為八重山分局局長（後來成為省長），來自八重山的瘧疾專家大濱信賢博士（Dr. Shinken Ohama）則被任命為公共衛生署署長，為"消除瘧疾的條例"的起草人。

1950年，由居民選出的新政府削減了控制瘧疾的預算，並推動了一項移民計劃。因此，許多來自其他島嶼的 "移民先鋒"在瘧疾流行地區定居，導致瘧疾重新爆發於他們之中。這就是所謂的 "移民瘧疾"。
1957年，GHQ的公共衛生昆蟲學家惠勒博士（Dr. Wheeler）應USCAR（美國琉球群島民政局）的要求，在八重山制定了 "惠勒計劃"，即瘧疾根除計劃。 USCAR撥出一筆特別預算資金資助該計劃，特別用於室內滯留噴灑DDT因為這在其他國家已經被科學證明是有效的。隨著衛生中心職員進行徹底的噴灑行動，效果立即顯現，從而帶動居民們積極的配合。因此，在西表島1961年出現最後一個病例後，八重山終於於1962年實現了零瘧疾。　

瘧疾是 "世界三大傳染病 "之一，與艾滋病和結核病並列。它是一種由瘧原蟲引起的傳染性疾病。該病的特點是高燒和不斷地寒顫，病患甚至可能因延誤治療而死亡。當一個人被感染瘧原蟲的蚊子叮咬時就會被感染，因為瘧疾蟲子孢子會隨著該蚊子的唾液注射入其體內。
在八重山，這些現攜帶致命惡性瘧原蟲的按蚊（Anopheles yaeyamaensis）較常見於叢林溪流周圍。
雖然八重山不再有瘧疾，但它每年仍在全世界，尤其在亞洲、非洲等中低收入國家內奪走60多萬人的生命（數據取自2020年）。

1950年7月7日，伊野田村（Inoda）村民在瘧疾流行區成立並建造了 "根除瘧疾伊野田分局"。
1951年10月，因移民計劃，第一批來自沖繩的大宜味村（Ogimi）的21個家庭定居於伊野田，許多其他家庭緊隨其後開墾和耕種土地。接著，由於瘧疾爆發於石垣島北部，包括伊野田地區的定居者中，根除瘧疾伊野田分局開展了各類活動，包括治療、對策和提高公眾意識等。該分局後來成為在石垣島北部地區實施惠勒計劃的協調中心。
因這些努力，每年的瘧疾病例於1962年減少至零宗，終於結束了持續了400多年與瘧疾鬥爭的漫長歲月。